Di kota San Francisco, waktu tidak berpihak kepada Nicholas dan Perenelle Flamel. Hanya tersisa satu hari bagi mereka untuk hidup dan satu misi krusial, yaitu membela kota dari ancaman mengerikan.

Monster-monster yang dilepaskan dari Pulau Alcatraz kini berkumpul dan menuju kota. Jika tidak dihentikan, kekuatan kegelapan ini akan menghancurkan segala sesuatu yang ada di hadapan mereka.